[obsolete?] Fractal reconstruction

[pdziekan]

Refined cells at the MPI boundary are cut in half by the MPI boundary.
Both MPI ranks calculated refined points between the domains.

TODO:

• refinee w 1D, 2D
• ijk_ref i ijk_r2r w 1D i 2D
• refinee_global? Czy niepotrzebne?
• logika refinement dla wektorow
• samo liczenie refined fields: intepolacja (tri-linear?) predkosci, rekonstrukcja fraktalna th i rv
• przygotuj rysunek siatki: Arakawa-C + sharedmem / distmem decomposition + grid refinement (do papieru i do pomocy)
• jak liczyc wplyw mikrofizyki liczonej na refined grid na th i rv? sumowac po malych komorkach do duzej komorki? trzeba uwzglednic rozne objetosci refined komorek. Refined cells z MPI sa przeciete na pol, trzeba uwzglednic ich mniejsza objetosc w libcloudph++
• doesn't compile if reconstruction is not done (e.g. mpi_adv_3d test fails, because of errors in hdf5 without refinement)
• unit tests

ISSUES:

• Reconstruction fails if threads have small slices, e.g. UWLCM moist thermal simulation gives wild values of reconstructed theta for:
  OMP_NUM_THREADS=7 ./uwlcm --case=moist_thermal --dt=1 --micro=lgrngn --nt=500 --nx=51 --ny=51 --nz=51 --outdir=out --outfreq=50 --backend=CUDA --sd_conc=10 --coal=0 --cond=0 --n_fra_iter=1
  however works well for less threads:
  OMP_NUM_THREADS=6 ./uwlcm --case=moist_thermal --dt=1 --micro=lgrngn --nt=500 --nx=51 --ny=51 --nz=51 --outdir=out --outfreq=50 --backend=CUDA --sd_conc=10 --coal=0 --cond=0 --n_fra_iter=1
  or for finer refined grid:
  OMP_NUM_THREADS=8 ./uwlcm --case=moist_thermal --dt=1 --micro=lgrngn --nt=500 --nx=51 --ny=51 --nz=51 --outdir=out --outfreq=50 --backend=CUDA --sd_conc=10 --coal=0 --cond=0 --n_fra_iter=2