Bioinformatics Algorithms

Быстрое решение биоинформатических задач в консоли браузера.

Подключение (консоль):

var Get = function(t, f){
	var client = new XMLHttpRequest();
	client.onload = function(e){ return (f)(e.srcElement.responseText); };
	client.open("GET", t);
	client.send();
};
Bio = exports = {};
Get('https://raw.githubusercontent.com/latur/Bioinformatics/master/@bio.js', eval)

Показать все доступные функции:

Get('https://raw.githubusercontent.com/latur/Bioinformatics/master/@bio.test.js', function(e){
	var exe = e.split('\n');
	for (var i in exe) if (exe != '') {
		console.log("%c" + exe[i],'background: #444; color: #bada55; padding: 3px 5px;');
		console.log(eval(exe[i]));
	}
})

Подключение node.js:

Bio = require('./@bio.js');

Функции:

Расстояние Хэмминга. Количество отличий в соответствующих последовательностей

Bio.HammingDistance('ATGC', 'ATGC');

Минимум перевеса нуклеотида G. Возращает все точки минимума

Bio.MinimumSkew('ATGC');

Нахождение последовательности, обратно-комплементарной к данной

Bio.ReverseComplement('ATGC')

Нахождение всех последовательностей, которые возможно получить из данной за d замен

Bio.Mismatches('ATGC', 2)

Нахождение встречающегося чаще других k-мера с точностью до d мутаций

Bio.FrequentWordsMismatches('ATGCATGC', 4, 1)

Таблица замен триплета ДНК на нуклеотид

Bio.ProteinTable

Получение из последовательности РНК пептидной

Bio.ProteinTranslation('AUGGCCAUGG');
Bio.ProteinTranslation('ATGGCCATGG');

Нахождение подпоследовательности, которая может кодировать данный пептид

Bio.PeptideEncoding('ATGGCCATG', 'MA')

Поиск подстроки в строке. Результат — массив точек вхождения

Bio.Find('ATGGATCCAGAACTG', 'A')

Таблица масс аминокислоты в дальтонах (округление до целых чисел)

Bio.MassTable

Масса пептида в дальтонах

Bio.Mass('PRTEINSTRING')

Теоретический спектр циклопептида

Bio.Cyclospectrum('PRTEIN')

Получение всех циклопептидов с данным спектром

Bio.CyclopeptideSequencing([0,87,87,87,113,114,128,128,128,129,129]);

Рейтинг спектра — число совпадений теоретического с экспериментальным

CyclopeptideScoring('NQEL', [0,99,113,114,128,227,257,299,355,356,370,371,484]);