RNA-Seq Differential Expression Analysis in Coronary Artery Disease

Este projeto teste, analisa perfis de expressão gênica de dados de RNA-Seq para identificar genes diferencialmente expressos em pacientes com Doença Arterial Coronariana (DAC) usando R.

Objetivo

Execute um pipeline completo para análise de RNA-Seq:

• Importação e limpeza de dados
• Análise exploratória de dados
• Expressão diferencial com DESeq2
• Análise de enriquecimento funcional (GO, KEGG)
• Visualização interativa com Shiny
• Relatórios automatizados com RMarkdown

Estrutura Básica

rna_seq_dac_project/
│
├── data/
│   ├── raw/
│   └── processed/
│
├── scripts/
│   ├── 01_load_and_clean.R
│   ├── 02_eda_visualization.R
│   ├── 03_deseq_analysis.R
│   ├── 04_pathway_enrichment.R
│   └── 05_generate_report.R
│
├── shiny_app/
│   └── app.R
│
├── results/
│
├── reports/
│   └── analysis_report.Rmd
│
├── .gitignore
├── README.md
└── renv.lock / renv/

Estrutura do Projeto

scripts/ scripts Core R
dados/raw/ matriz de contagem bruta de RNA-Seq e metadados
dados/processados/ dados limpos para modelagem
resultados/ saída da análise
relatórios/ relatórios finais (Rmd e HTML)
shiny_app/ painel interativo

Pacotes necessários

• DESeq2
• BiocManager
• dplyr, tidyr, readr
• ggplot2, pheatmap, plotly
• clusterProfiler, enrichR
• shiny, flexdashboard
• rmarkdown

Execução

Execute scripts sequencialmente a partir de scripts/ ou carregue como um pipeline.